Ich glaube, der Name hat damit zu tun, daß der Flammkuchen vor dem Brot in den noch sehr heißen Holzofen geschoben wurde, in dem die Flammen noch nicht ganz erloschen waren. So hat's mir jedenfalls mal eine Bäuerin erklärt. Der Flammkuchen war dann auch eine Art "Temperaturanzeiger", an der Backzeit konnte die Bäuerin erkennen, ob der Ofen für das noch zu backende Brot die richtige Temperatur erreicht hatte.
Keine Garantie, daß diese Erklärung stimmt.