Die Religion kann mit überhaupt niemandem "Hand in Hand" gehen. Wie auch, bedeutete das doch eine gewisse Anerkennung, die sie sich nicht leisten sollte.
Was sie tun kann (aber wohl nicht muss. Darüber lässt sich streiten.), ist, Abweichler, Aberglauben, heidnische Kulte usw. zu dulden, solange diese für das Gemeinwesen unschädlich bleiben. Dabei kommt es freilich auf Kopfzahl, Stärke, Einfluss usw. dieser Gruppen an. Im Schnitt erweisen sich Minderheiten von z.B. Buddhisten als eher wenig problematisch. Der Islam macht dann keine Schwierigkeiten, wenn seine Anhänger nicht das Gefühl bekommen, irgendwas erreichen zu können.
Bei Juden und Samaritern bin ich mir noch nicht klar, wie die Sache zu händeln sei.